Шенкурский район образован в 1929 году в составе Няндомского округа Северного края РСФСР, с центром в городе Шенкурск, на территории Средневажской и Шеговарской волостей (без Кицкого сельсовета) упразднённого Шенкурского уезда. В 1959 году к Шенкурскому району были присоединены 6 сельсоветов упразднённого Ровдинского района — Верхопаденьгский, Михайловский, Паденьгский, Суландский, Усть-Паденьгский и Усть-Пуйский.
При образовании Северо-Западного экономического района в декабре 1962 года издан указ Президиума Верховного Совета РСФСР от 1 февраля 1963 года «Об укрупнении сельских районов и образовании промышленных районов Архангельской области», по которому район был реорганизован в Шенкурский сельский район из 12 сельских советов. В 1965 году Указом Президиума ВС РСФСР от 12 января 1965 года и решением ОИК от 18 января 1965 года Шенкурский сельский район был упразднён и вновь образован Шенкурский район с центром в городе Шенкурск. Площадь территории района не изменялась.
